Скажите пожалуйста, если я получу Венгерскую визу, я смогу по этой визе влететь в Германию?

Пустят конечно.

У нас была похожая ситуация. Прилетели в Италию по итальянской визе и на следующий день из Иьалии прилетели в Германию. Прилетев в немецкий аэропорт не было паспортного контроля, полагаю потому как перелет внутри зону Шенген, так что ни один немец ни о чем нас не спрашивал, почему да как.