Если лететь Москва-Доха-Денпасар Qatar Airways в Дохе нужно заново регистрацию проходить и багаж получать/сдавать?

Не надо, зарегистрируйте багаж до конечной точки (Денпасар) и все.

Нет, ваш багаж оформят до Денпасара, летела из Шереметьево.

У меня да, обычные вопросы были, ничего особенного не спрашивали. Обратный билет при вылете проверяли и о нем спросили как раз, был дешевый реальный в Малайзию.