Кто летал транзитным рейсом на Бали через Дубай компанией Emirates, подскажите, если я хочу полетеь на шопинг пока будет пересадка долгая, соответственно куплю новый чемодан, я смогу его зарегистрировать дальше на рейс Дубай-Москва?

Думаю нет. Позвоните в эмирейтс и узнайте. Поддержка русском языке. Я бы взял в ручную кладь пустой чемодан максимально допустимого размера или купил такой уже в Дубае и дальше взял его в самолёт на второй рейс.

Можно, но Вам нужно свой багаж регестрировать в Денпасаре не до Москвы, а получить его в Дубае по прилету и потом заново зарегистрировать с новым купленным чемоданом.