При перелете в Канаду через Лиссабон пересадка 1 или 2 часа. Этого времени хватит? Насколько долго там все проходит на паспортном контроле и т.д.? Багаж они сами перенаправляют или нужно забирать и сдавать по новой?

Хватит. Если один билет с пересадкой, то на регистрации сразу оформляется багаж до конца маршрута. Уточняйте на регистрации, что нужно до конца. Не везде дают сразу 2 посадочных. Но за час-два вы разберетесь в аэропорту что именно надо делать и куда идти, не переживайте)