если сертификат о вакцинации просрочен , пустят ли на Бали?

Да главное чтоб он был. Даты не смотрят.

Есть общее мнение, что для Индонезии сертификаты бессрочные, но имхо обновить его срок действия одной дозой бустера - не проблема.

Пустят.