По визе Д Германии можно въезжать позже, чем начинается контракт исследовательский с университетом? И если эта дата начала визы вообще получится позже, чем дата начала контракта? Это не вызывает вопросов на границе или еще где?

В теории вы могли дистанционно работать эти дни до въезда. Въезжать можно во время действия визы. Хоть за 3 дня до окончания. Другое дело, что вы еще должны успеть еще прописаться и счет открыть, подать доки на внж и тд. Если ваша работодателя устраивает, что вы начнете позже работу. Вопрос только как они будут зп начислять.

Въезжайте позже. Если можете с универом договориться по факту контракт переписать, сделайте так. Мы вписали "с такой-то даты или когда будут улажены визовые вопросы".