Если лететь по маршруту ларнака-каир-москва, разными а/к, пересадка 2 часа, надо ли получать багаж, выходить и бежать на регистрацию аэрофлота (онлайн не дает) или делать все в транзитной зоне?

Я так летела Москва-Каир-Ларнака. Нужно было получать багаж и регистрироваться.

У вас разные терминалы прилета и вылета ? Скорее всего да, поэтому вам нужно будет получить багаж, оплатить визу. Учитывая время, делать нужно будет все очень быстро))