Подскажите, пожалуйста, могут ли в аэропорту Цюриха или Базеля при перелете в Испанию увидеть, что у меня превышено допустимое количество дней (90 из 180)? При прохождении регистрации они могут это увидеть или нет ?

Если исчерпано количество дней, предусмотренных данным типом визы, то на законных основаниях Вы можете находиться только на территории Испании до момента получения студенческой визы. В противном случае Вам необходимо запросить визу в консульстве той страны, в которую Вы собираетесь поехать. В описанной ситуации право свободного перемещения по Шенгенской зоне у Вас отсутствует. Миграционное законодательство довольно строгое, особенно сейчас. Лучше не рисковать через аэропорт, поскольку у граждан третих стран сотрудники аэропорта могут проверить наличие права пребывания в стране назначения.