Есть два паспорта, в одном британская виза, в другом - шенген. Какой паспорт использовать при регистрации на рейс в Европу? билет был куплен в оба конца.

У нас так. Паспорт с шенгеном использовали при регистрации. Ну и если у вас есть BRP, то британская виза наверняка закончилась уже.

Ну по идее лучше тот, который с шенгеном. Но в целом это неважно, им главное чтоб были все документы на руках. Например в те же США люди ездят с действующей визой в просроченном паспорте, просто показывают просроченный паспорт с визой и новый действующий без визы.