Подскажите, ничего ведь не изменилось в отсчете дней на Кипре при въезде с шенгенской визой? Дни на Кипре считаются отдельно, верно?

Верно.

То есть можно сделать мультишенген, провести 90 дней в европе, 90 на кипре, румынии, болгарии, а потом ещё и в ирландию сгонять?)