Подскажите пожалуйста, чтобы подать заявление на получение загранпаспорта нужно записаться в консульство в Джакарту?

Только в Джакарте.

Можно податься на Бали на 5-летний паспорт, но только в прилет консула. Он в декабре прилетал, в следующий раз месяца через 3-4 в лучшем случае.