Если я уехал за документами между КП и МВД, нужно ли брать визу в автомате и куда идти потом? На паспортный контроль или через Натив? Или со старой(действующей) визой идти через ПК?

Если вы по экстренной проходили, то: Нам сказали брать вторую (голубенькую визу), если ещё не гражданин. И потом идти на общий паспортный. Но там ещё до того как документы забрали показывать им ID и бумажку из Натива, а том что есть временный номер и объяснять ситуацию. В таком случае проблем быть не должно.