Можно ли брать билет РФ гражданам, с транзитом без Шенгена через Лиссабон, Амстердам, Франкфурт если там без смены аэропорта пересадка до Сан-Пауло?

Да, если единый билет [одной авикомпанией]. Сильно зависит от аэропорта вылета - особенно придираются в Турции, как минимум требуют обратный билет. Будьте готовы быстро и аргументированно доказать на посадке, что виза в этом случае не нужна, времени будет мало.