Могу ли я по российскому(внутреннему) паспорту пройти транзит в аэропорту Абу-Даби, если пересадка длительностью 4,5 часа, выход в город не подразумевается?

Нет, не можете. С внутренним паспортом можно передвигаться только внутри страны + еще несколько стран, рейсы куда носят статус внутренних и ОАЭ туда точно не входят.