Подскажите, я правильно понимаю что при экстренной репатриации в Израиль заявку на очередь можно подать прям в аэропорту? Куда нужно обратиться в таком случае?

В натив идите.

Не выходя из аэропорта до прохождения паспортного контроля. по указателям. и там подаватесь.

Вы в Бен-Гурионе идёте не на паспортный контроль, а к сотруднику Натива, слева, не доходя ПК. Если он проверит вади документы для репатриации и решит, что они в порядке, сотрудник МВД выведет вас туда, где вы получите сим-карту, номер для записи на консульскую проверку, мед. полис на месяц и такси. Дальше всё делаете самостоятельно, в т. ч. записываетесь на первичную консульскую проверку в любом городе в министерстве Алии.