Подскажите, как лучше лететь: Турецкими Мюнхен -Стамбул и потом Аэрофлотом до Москвы, или напрямую Турецкими Мюнхен -Мск? Разница в цене 100 евро.

Напрямую удобнее, особенно если стыковки небольшие. Смотрите как вам лучше по цене. В Стамбуле очень большой аэропорт и если есть возмнось не получать там багаж, то это экономит нервы))

Разница конечно существенная, но из опыта, лучше лететь одной а/к. Посмотрите Pegasus.

От величины пересадки зависит.

Если разница в цене в 100 евро, конечно напрямую лучше.