Подскажите пожалуйста если купить билет из Стамбула в Пхукет в один конец и купить билет в Малайзию как обратный билет пустят ли на самолёт?

Да.

Летели в субботу из Стамбула, ничего не спрашивали ни в Стамбуле, ни на таможне ни в Турции ни в Таиланде (турецкие авиалинии), но я на всякий пожарный просто купил бронь билета обратно за 1000 рублей.