Подскажите, забронировал виллу на шри ланке с платной отменой на Букинге, решил отменить ее так как выбрал другую, списался с отелем, они отказались отменить штраф за отмену, сможет ли букинг списать деньги с российской карты ?

Не сможет. Но и пользоваться букингом с этого аккаунта больше не сможете.

Смысл в том что за день до заезда бронь оплаченная российской картой с оплатой на месте вероятно аннулируется и бронь снимут по тому как доступа к карте не получат, бронируйте те где без карты есть возможность а на месте разберётесь.