Билеты с пересадкой в Баку. Ожидание в аэропорту 6 часов. Нужна ли вакцинация от ковид?

Насколько мне известно транзитом - нет. Тем более если не будут проверять при вылете, то и при прилете не понадобиться.

При транзите действуют правила той страны, куда вы направляетесь. То есть- если для въезда в страну конечного назначения ковид-сертификат не требуется, то он Вам не нужен. Но за пределы аэропорта в Баку вас не выпустят.