Подскажите пожалуйста: если можно находиться в Таджикистане не более 90 дней, если на день выехать в Самарканд и вернуться, сроки пребывания обнуляются? Так делают?

Да так.

Привет, если находишься больше 10 дней, то нужно делать регистрацию. Иначе при выезде будет штраф.

Без регистрации можете находится 10 рабочих дней, если сделаете регистрацию то до окончания его срока можете спокойно выезжать и обратно возвращаться в РТ.