Есть ли агенства в сеуле которые помогают собрать доки для правильной подачи на визу в Японию ?

Если вы не проживаете здесь как резидент, то должны обращаться в Консульства Японии по м. жительства в РФ. Там можно обратиться в агентства типа japantravel точка ру.