У меня билет с пересадкой в Малайзии 3 дня (изменили рейс вылета вместо 3х часов пересадка 3 дня). Подскажите, пожалуйста, туристам можно ли выходить из аэропорта для ночлега или в аэропорту есть где переночевать? Нужно ли делать новый ПЦР?

В Малайзии нельзя выходить. Там есть ковидные ограничения.

И если в Индонезию потом, то пцр должен быть 2*24 на момент посадки в самолёт, то есть придётся в аэропорту в Малайзии делать новый пцр.

Нужно получать разрешение и сидеть на карантине.