Подскажите пожалуйста. Как отправить курьером документы из Бали в Джакарту в посольство?

Все правильно, это местные транспортные компании, на английском у них уточните сроки.

А если не ошибаюсь, то личное присутствие нужно в некоторых случаях, что-то все в посольство сами летают (или это летают забрать готовый документ)

Если вам нужно, например, оформить доверенность, то это можно сделать удаленно, списаться с ними, а для получения необходимо лететь в Джакарту)