Дети маленькие но они родились в рф разве можно в Литве иметь двойное?

По отцу, по рождению.

Вам нужно оформить через литовское посольство свидетельство о рождении, потом документ на возврат в Литву , в Литве можете оформить литовские паспорта на основании гражданства отца. Позвоните в консульский отдел посольства Литвы доя получения более подробной информации.

Знаю 100%, что гражданство РФ сохраняют если дети это потомки ссыльного/репрессированного (вплоть до прадеда), который жил в Литве до 15 июня 1940 года. Может ещё какие-то случаи допускают исключения. В общем случае по натурализации от паспорта РФ (и любого другого) придётся отказаться, так как конституция допускает только одно гражданство.

Им дадут гражданство Литвы до 18 лет . Мы литовские паспорта оформляли в Москве . Позвоните в консульство.