Прошли 3 месяца прибывания по Шенгенской визе на Кипре , человек не улетел , какие дальнейшие действия , можно ли оплатить штраф за нарушение и в будущем не попасть в стоп лист ? Или какие еще есть варианты ?

Если вылетать из РК, то штраф однозначно и стоп-лист на усмотрение пограничника. Так же возможен выезд с северной стороны, чтобы не оплачивать штраф, но это незаконно и опять же вероятно попадание в стоп-лист + незакрытая шенгенская виза в паспорте. Идеального выхода не будет, всё же визовый режим нарушили.