Я зарегистрировался в первый день в гостинице, а дальше поехал по другим городам и не брал регистрации, так как думал что первой достаточно.

Нужно делать в каждом отеле, либо ничего не делать если меньше 15 дней находитесь. А что значит заплатить за те дни где не было регистрации? Они вам хотят задним числом оформить у себя или что?

Если вы находитесь в городе меньше 3х дней, то регистрация не обязательна, Достаточно чеков, подтверждающих пребывание. В гостинице зарегистрировать должны на время пребывания в ней. Вы можете путешествовать по стране и не останавливаясь в гостинницах. На момент выезда из станы если у вас будет действующая регистрация, я не думаю что у кого-то возникнут вопросы.