подскажите, оплата Яндекс такси в Белграде списывается с российских карт? Или местную нужно прицепить?

Местную только.

Если есть карты других зарубежных банков - то тоже работает С моего Каспия нормально списания проходят.

Не списывается с РФ карт.

Можно как временный вариант поставить оплату наличными, заплатить динарами / евро.