Знаю, что есть вопрос о религии в анкете. Скажите, если человек пишет что мусульманин или Православный или ещё какая Вера, то это как то влияет на решение консула.

Очень влияет. Пишите "не религиозен".

Это закон на основании которого евреи их дети и внуки делают репатриацию То есть они теряют право на репатриацию.

Если еврей принимает другую религию, то по закону о возвращении теряет право на репатриацию. Если вы не еврей, а второе поколение, третье или жена еврея, это вроде бы не имеет значения. Но я бы не стала испытывать судьбу в любом случае, не религиозный лучше всего написать.