Подскажите, если мы прилетаем во второй терминал в Дубай, а улетаем в Себу с третьего, нам нужно будет в город выходить или как до него добираться? И что с багажом? Мы его получим уже в Себу, на пересадке не нужно его забирать?

Там метро ходит по терминалам.

Все перемещения внутри аэропорта. При посадке в России у вас спросят, где выдавать багаж. Если летите одной компанией 2 рейса, то багаж можно получить в конечном пункте.

Между терминалами есть трансферы. А вот при смене авиакомпании скорее всего багаж придется получать и транспортировать между терминалами самим, но это вам расскажут на стойке регистрации.