Подскажите пожалуйста, виза (ВНЖ) Германии для фрилансера должна оформляться только в стране, гражданином которой я являюсь(РФ) или можно уже в Германии сделать? Или через третью страну?

В Германии нельзя сделать визу. Виза делает консульство Германии. В Германии нет консульства Германии. По поводу третьих стран пишите и узнавайте в консульствах этих стран. Здесь были кейсы что давали рабочие визы когда работодатель писал письма и просил консульство принять, вроде как сейчас и без этого из каких-то стран можно податься. Опять же, речь шла о рабочих визах. А у вас кстати клиенты в Германии есть, чтобы вообще имело смысл это?

Можете сделать визу в РФ или в другой стране, в которой у Вас есть ВНЖ. Здесь писали, что смогли оформить из Турции. Поищите по ключевым словам. Виза фрилансера сама по себе сложная в получении, по сравнению с БК или просто рабочими визами. Сложнее доказать, что у Вас тут есть заказы, клиенты, будет работа и сможете себя обеспечивать. Почитайте сайт визаметрик, там много полезной информации.