Подскажите, пожалуйста: апостили на диплом можно в мфц сделать?

Доброе. Нет, апостиль на диплом делается в Минобразования. По меньшей мере не в Москве - так.

Проверьте что вам апостиль действительно нужен. Для большинства рабочих виз в Германию он не нужен.

Апостиль нужен на дипломы регламентированных в Германии профессий. То есть всё зависит от специальности. Многим он не требуется вообще.