Подскажите пожалуйста, при визаране в Хорватию из Сербии при действующем Шенгене печати, которые погранцы поставят, уменьшат дни Шенгена, или нет ?

Хорватия не в шенгене, они не считаются. То есть, если у вас грубо говоря есть 90 дней и 30 из них вы проведите в Хорватии, Болгарии, Румынии или на Кипре - останется 90:)