мы летим катарами, мы сможем оплатить заявление на въезд в аэропорту в России или по прилёту? Или обязательно оплачивать на сайте? Можно ли оплатить по qr коду?

Вы не сможете оплатить же в России.

Если не Аэрофлот то платите либо нужной картой, когда заполняете онлайн это разрешение, либо по прилёту на остров, в аэропорту России платит только тот, кто летит Аэрфлотом.