если куплены билеты у флай эмирейтс Москва- Бали через Дубай , и обратно, и если мы не хотим вылетать из мск, а сядем просто на свой рейс в Дубае, то билеты в этом случае будут действительны или нет?

Сгорят билеты.

Скорее всего сгорят. Пишите агенту, чтобы сделали замену (аннулировали первый сегмент), скорее всего будет бесплатно и второй сегмент не сгорит. С катарами была такая история.

Сгорают, да.