подскажите пожалуйста, по прибытии в Баку в аэропорту можно будет поменять рубли/евро на манаты?

Да, есть обменник. Курс в городе повыгоднее (например, в аэропорту за доллар дают 1,65 манат, а в городе 1,69), поэтому много не меняйте.