За сколько лучше в Маниле приехать в аэропорт для внутреннего рейса?

Да.

@Katerina: Девушка из Philippines Airlines говорила, что за 2 часа, но по факту за час-полтора вообще норм (и это с запасом даже). Если речь про терминал 2, то аэропорт не такой большой, чтобы там долго ходить.