Можно ли въезжать на территорию РФ по молдавскому паспорту при наличие Российского и молдавского гражданства?

Формально нельзя, штраф за незаконное пересечение границы при обнаружении и потенциально уголовка за сокрытие второго гражданства. Средств выявления таких ситуаций у пограничников имеются, особенно, если совпадает написание на английском в загранпаспортах и биометрию раньше сдавали. Особо большой риск при пересечении границы в аэропортах.

Коротко: Россия рассматривает граждан России только как граждан России! Точка! Никого в РФ не интересуют ваши остальные гражданства.

По закону - нельзя, вы должны въезжать и выезжать из РФ по российскому документу. В реальности въехать по молдавскому паспорту обычно не вызывает сложностей. И выехать обратно можно, если миграционка будет действительная (меньше 3 месяцев будете находится там)