Подскажите, чем может грозить нарушение пребывания по шенгену на 1 день? Выезд из Германии.

Соответствующая пометка в паспорте и проблемы в получении визы в последующем ( другими словами, визу будет невозможно получить лет пять минимум)

Много зависит от вашего поведения при общении с офицером. сможете внятно объяснить причину - скорее всего никаких отметок не будет. раньше, по крайней мере, много таких историй было, в подавляющем большинстве случаев - никаких последствий не было.