Подскажите, если срок пребывания в ЕС 90 закончился, вылет из Германии через Францию(выходя из транзитной зоны), могут ли быть проблемы? И кто так летел?

Скорее всего не выпустят , вернее всего не посадят в самолёт ещё в Германии .

Да проблемы будут.

Выпустят.

Звоните в посольство тех стран, через кого летите. Мне в июле Германия сказала, что до 31.08 пускают всех украинцев несмотря на количестве дней.

Не думаю что будут проблемы учитывая ситуацию.

Вы находитесь под «временной защитой» в Германии? Если да, то проблем никаких не будет.