Имеют ли право не выпустить из РФ если есть ВНЖ Молдовы?

Если гражданин РФ и есть ограничения для выезда , то да. ВНЖ Молдовы тут никакой роли не играет .

Скорей всего да, имеют. Потому что в первую очередь для государства РФ вы являетесь гражданином этой страны. Это первостепенно, а уж потом все остальное.