Подскажите, на Филиппины лучше прилететь не в Манилу, а на остров, который будет ближе всех к другим? Из Манилы далеко добираться до иных локаций ?

Прилетаете в любом случае в Манилу или Себу. Разницы нет. Всё равно вы дальше оттуда полетите в нужный вам остров. Лететь по времени, не важно откуда, около одного часа.

Самолётом проще добираться. Быстро и дешево.