Что делать, если на границе Казахстана обнаружили, что у младшего ребенка нет загранпаспорта? Какие варианты есть решить проблему с документом, не возвращаясь в РФ? Вообще с метрикой Узбекская таможня пропускает?

Обратиться в посольство РФ, только они могут вероятно обладать полномочиями в решении подобных вопросов.

Консульство в Алматы, вклейка фото в паспорт мамы/папы.

Если паспорт забыли - просить кого-то привезти (почта не пересылает) Иначе - в консульство РФ.