Подскажите, пожалуйста, ставят ли штамп по прилету в Эрджан в паспорте ? Были у кого потом проблемы с въездом в Европу , после посещения СК?

Штампы в паспорт ставят через раз, зависит от пограничника. Наличие этих печатей в паспорте никак не повлияло ни на получение шенгенской визы ни на поездки в Европу.