Скажите, если я зарегистрировался в Ташкенте на съемной квартире, но потом поехал на неделю в Самарканд, где жил в гостинице, как быть с регистрацией?

Нет не отменит, проверьте в выданном Вам вкладыше, до какого числа у Вас регистрация по месту аренды квартиры - это и есть дата истечения Вашей регистрации. Проверено на коллегах -нерезидентах. Делали им регистрацию и возили на экскурсии в Бухару и Самарканд,. никаких проблем ни у кого не возникало.