Можно ли на Филиппинах зарегистрировать компанию и нанять себя на работу ради получения work visa? Сработает ли это и могут ли потом быть проблемы?

Сработает, но готовьтесь потратить очень много времени и денег.

Да можно, многие так делают, есть разные способы, есть разные подводные камни, есть агенства которые помогают всё оформить.

Ради бизнеса это многие делают. Ради получения визы, оно того не стоит, есть более дешёвые способы.