А визу по прилету надо делать в Джакарте, если пересадка там?

Да.

Вы в любом случае пересаживаетесь на местный рейс и впм надо будет сменить терминал (10мин на шатлбасе). А значит выйти в город по сути. Не беспокойтесь, без voa не оставят, не промахнётесь. Шатлы ходят от середины выходов примерно, d, e выходы.