Скажите пожалуйста мы можем в зоне шенген находиться 90 дней в течение 6 месяцев или в течение 180 дней. Ситуация такая.

Да, это так работает, можно воспользоваться визовым калькулятором.

Мне кажется, что можете ехать в январе, так как 90 дней после посещения шенгена уже прошло и начались другие 180 дней.

Добавьте ко дню выезда из шенгена 90 дней и с этой даты уже можете въезжать снова на 90 дней.

Все можно, если вы собираетесь ехать например 5 января, то с 5 го июля прошлого года Вы должны провести были в шенгена 90 дней и 90 дней вне его, что в вашем случае и получается. При условии соответстветствующей визы конечно.