Подскажите, пожалуйста, есть ли на Бали агенство, которое может помочь ускоренно податься и получить загранпаспорт РФ?

Нету.

Получением новых российских загранпаспортов в Индонезии занимается только консульство в Джакарте. позвоните и спросите что у них там сейчас по срокам.