Подскажите, можно ли лететь с пересадкой в стране ЕС, не имея шенгенской визы? Т. е., можно ли к примеру без шенгена улететь из Тбилиси с пересадкой в Мюнхене в Белград?

Если смена авиакомпании, то нужна виза. Если нет, то просто нужно находится в транзитной зоне. Проще всего позвонить в представительство авиакомпании и у них спросить.

На авиасейлс есть флажок пересадки без визы.

Ну я летал в мае через Вену. Главное чтобы был единый билет и багаж сразу зарегистрировали до конечного пункта, авиакомпании при этом могут быть и разными.