У меня рейс уфа-баку-стамбул, т. е. транзит, зашел на сайт Azal там написано что для транзитных пассажиров, все правила устанавливают страны конечного прилета, у турции нет никаких ограничений, значит и в баку спокойно меня пропустят?

Если транзитом проблем быть не должно, в город вас не выпустят.

Если лететь Транзитом (не путать с трансфером) и если вы не покидаете транзитной зоны и в конечном пункте назначения куда вы летите то есть в той стране куда вы летите сертификат не требуют то должны пропустить а если трансфером то есть вы покидаете транзитную зону то при пересечении границы в баку потребуют сертификат Транзитный пассажир - пассажир, который согласно авиабилету и багажной квитанции продолжает полет из аэропорта транзита тем же рейсом, которым он прибыл. Трансферный пассажир - пассажир, который согласно авиабилету и багажной квитанции прибыл в аэропорт трансфера одним рейсом и продолжает полет другим рейсом того же или другого перевозчика.